醫師資格考試醫學綜合筆試測試內容、考試形式以原衛生部醫師資格考試委員會審定頒布的《醫師資格考試大綱》為依據。臨床執業助理醫師醫學綜合筆試考試方案及內容見下表：
| 科目類別 | 臨床執業助理醫師 | |
| 比例 | 科目 | |
| 基礎醫學綜合 | 10% | 生理學、生物化學、病理學、藥理學 |
| 醫學人文綜合 | 5% | 衛生法規、醫學心理學、醫學倫理學 |
| 臨床醫學綜合 | 80% | |
| 預防醫學綜合 | 5% | 預防醫學 |
注：由衛生部醫師資格考試委員會批準，自2010年開始，現役軍人(包括軍隊、武警現役人員及公安部所屬的邊防、消防和警衛現役人員，不包括軍事單位聘用的地方人員)報考臨床執業助理醫師資格考試，除參加所報考類別的正常考試內容外，醫學綜合筆試還須增考軍事醫學內容。軍事醫學考試內容單獨增設一個單元，臨床執業助理醫師增考題量為40道，總分為10分。考試內容以原衛生部醫師資格考試委員會頒布的《醫師資格考試大綱(軍事醫學2013年版)》為依據，復習指導用書可參考部隊系統內部發行的《醫師資格考試軍事醫學應試指南》。
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