注冊環保工程師執業資格考試由基礎考試和專業考試兩部分組成。

（一）基礎考試

注冊環保工程師執業資格基礎考試采取閉卷考試的方式，時間1 天，上、下午各4小時。考試內容包括：高等數學、普通物理、普通化學、理論力學、材料力學、流體力學、計算機應用技術、電工電子技術、工程經濟、工程流體力學與流體機械、環境工程微生物學、環境監測與分析、環境評價與環境規劃、污染防治技術及職業法規共15個科目，其中前九個科目為公共基礎部分（上午），共計120題；后六個科目為專業基礎部分（下午），共計60題。試題結構均為四選一的單選題。

（二）專業考試

注冊環保工程師執業資格專業考試采取開卷考試的方式，時間2天，每天上、下午各3小時。考試內容包括：環境法規與標準、水污染防治工程技術、污水處理與再生利用工程實踐、大氣污染防治工程技術、大氣污染防治工程實踐、固體廢物處理處置工程技術、固體廢物處理處置工程實踐、物理污染控制工程技術、物理污染控制工程實踐共9個科目。

第一天為專業知識考試，上、下午各70題，前40題為單選題，后30題為多選題。專業知識考試不分專業方向，均為必答題；第二天為專業案例考試，分水污染防治、大氣污染防治、固體廢物處理處置、物理污染防治四個專業方向，每個專業方向上、下午各25題，考生可根據自己的實際情況，上、下午只能選擇同一專業方向的25題作答，多選或跨專業方向選答無效。

第二天專業案例考試要求考生在答題卡選擇正確答案的同時，應在試卷上寫出解答的詳細過程。