總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后依照規(guī)定的比例、三個因素及其權(quán)重，計算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額后，再分別按總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)所在地的適用稅率計算應(yīng)納稅額。

1. 總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅，50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)傤A(yù)繳，50%由總機(jī)構(gòu)預(yù)繳。總機(jī)構(gòu)預(yù)繳的部分，其中25%就地入庫，25%預(yù)繳入中央國庫，按照《跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》(財預(yù)[2008]10號)的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行分配。

2. 總機(jī)構(gòu)應(yīng)按照以前年度(1～6月份按上上年度，7～12月份按上年度)分支機(jī)構(gòu)的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偹枚惪畹谋壤?，三個因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30，計算公式如下：

某分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偙壤?= 0.35×(該分支機(jī)構(gòu)營業(yè)收入÷各分支機(jī)構(gòu)營業(yè)收入之和)+0.35×(該分支機(jī)構(gòu)工資總額÷各分支機(jī)構(gòu)工資總額之和)+0.30×(該分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額÷各分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額之和)

以上公式中分支機(jī)構(gòu)僅指需要就地預(yù)繳的分支機(jī)構(gòu)，該稅款分?jǐn)偙壤瓷鲜龇椒ㄒ唤?jīng)確定后，當(dāng)年不作調(diào)整。

七、企業(yè)所得稅的減免稅管理

企業(yè)所得稅的各類減免稅應(yīng)按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<稅收減免管理辦法(試行)>的通知》(國稅發(fā)[2005]129號)的相關(guān)規(guī)定辦理。該文件的規(guī)定與《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》規(guī)定不一致的，按《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》的規(guī)定執(zhí)行?！秶叶悇?wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅減免稅管理問題的通知》(國稅發(fā)[2008]111號)對此專門作了規(guī)定。

除國務(wù)院明確的企業(yè)所得稅過渡類優(yōu)惠政策、執(zhí)行企業(yè)所得稅法后繼續(xù)保留執(zhí)行的原企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策、企業(yè)所得稅法第二十九條規(guī)定的民族自治地方企業(yè)減免稅優(yōu)惠政策，以及國務(wù)院另行規(guī)定實行審批管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策外，其他各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，均實行備案管理。備案管理的具體方式分為事先備案和事后報送相關(guān)資料兩種。自2008年1月1日起，國家制定的各項稅收優(yōu)惠政策，凡未明確為審批事項的，均實行備案管理。

企業(yè)所得稅減免稅實行審批管理的，必須是《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》等法律法規(guī)和國務(wù)院明確規(guī)定需要審批的內(nèi)容。對列入備案管理的企業(yè)所得稅減免的范圍、方式，由各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局(企業(yè)所得稅管理部門)自行研究確定，但同一省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市范圍內(nèi)必須一致。

企業(yè)所得稅減免稅期限超過一個納稅年度的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可以進(jìn)行一次性確認(rèn)，但每年必須對相關(guān)減免稅條件進(jìn)行審核，對情況變化導(dǎo)致不符合減免稅條件的，應(yīng)停止享受減免稅政策。企業(yè)所得稅減免稅有資質(zhì)認(rèn)定要求的，納稅人須先取得有關(guān)資質(zhì)認(rèn)定，稅務(wù)部門在辦理減免稅手續(xù)時，可進(jìn)一步簡化手續(xù)，具體認(rèn)定方式由各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局研究確定。對各類企業(yè)所得稅減免稅管理，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)本著精簡、高效、便利的原則，方便納稅人，減少報送資料，簡化手續(xù)。

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