對存貨赤字的處理，取決于存貨赤字余額的性質，在查明存貨赤字原因及其性質的前提下，一般可遵循以下原則處理：
　　1、屬于供貨方錯發（多發）的存貨，應當與對方協商解決，退貨或作價付款。
　　2、屬于錯賬的，應調賬處理；屬于購貨后未及時辦理入賬手續和升溢未及時報告處理導致賬務處理不及時的，應補記入賬。因錯賬或入賬不及時產生的盈虧不實，經調賬后新增的利潤（或虧損），應按稅法規定調整企業所得稅納稅申報。
　　3、屬于各類違紀違規問題，必須依據法律法規進行處理和處罰。

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