1、賬賬核對法—檢查存貨明細賬記載的可靠性。審查存貨赤字余額，首先必須將存貨明細賬的余額和發生額與總賬核對，如果賬賬相符，說明存貨余額具有相對可靠性，可作為繼續審計的對象；如果賬賬不符，則必須查找錯賬原因并按會計制度規定糾正后，繼續審計。
　　2、實地盤點法—檢查存貨期末余額的真實性。對赤字余額的存貨進行實地盤點清查，將存貨的實際結存數量及其按正常單價計算的金額與賬面結存數比較，得出該種存貨的實際差額，并分析其是屬于盤盈盤虧，還是存在未達賬項。對存貨赤字余額審計，清查盤點很重要，因為在一般情況下某個存貨雖然賬面發生赤字余額，但并不等于該存貨沒有實際庫存量；相反，由于這種存貨有赤字結存數量和赤字余額，正說明該存貨仍在正常流轉，在多數情況下仍然有實際庫存量存在。如果對存貨赤字余額就賬論賬進行審計，就會作出不切實際的審計結論，因此，必須通過實地盤點清查和賬實核對，才能查清事實真相。
　　3、賬面審查法—檢查存貨收付記錄的合規性、計價的正確性和結存余額計算的準確性。通過賬賬核對和盤點清查，消除因錯賬和未達賬而產生的虛假赤字余額現象，通過調賬糾錯和調節未達賬項，得出存貨賬實相差和赤字余額的準確數字，從而為賬面審查奠定基礎。
　　（1）采用賬證核對法，檢查存貨收付記錄的合規性。對產生赤字余額的存貨賬戶，將會計憑證（包括原始憑證和記賬憑證）與明細賬收付記錄逐筆核對，審查賬證是否相符。
　　（2）采用復算法，檢查期末結存數量和余額計算的準確性。對期初結存、本期收入和本期付出發生額、期末結存之間的勾稽平衡關系進行重新計算，以驗證期末赤字余額的準確性。與你同行
　　（3）采用逆查法，檢查存貨計價的正確性。對赤字余額的存貨采用逆查法，沿著期末余額—本期發生額—期初余額的順序逐項審核，重點檢查存貨計價方法的一貫性和計量計算結果的正確性。根據現行會計制度的規定，企業存貨的發出和結存，按實際成本核算的，可以采用先進先出法、后進先出法、加權平均法、移動平均法、個別計價法等計價方法，但計價方法的采用必須符合一貫性原則，即企業只允許選用一種計價方法而且在一年內不得任意變動。因此，對赤字余額的存貨，著重審查有無隨意改變計價方法，多轉發出成本、任意壓低成本、隱留利潤，或者少轉發出成本、故意提高庫存成本、虛盈實虧等利用存貨成本結轉達到人為調節利潤的問題。企業存貨按計劃成本核算的，除了審查存貨按計劃成本收入、發出、結存的正確性外，重點要審查有關存貨成本差異率的計算和結轉，有無利用各種成本差異率隨意調節成本和利潤，導致存貨產生赤字余額的問題。
　　4、延伸追查法。通過上述方法審查后，對某些尚未查清查實的問題，或者發現可能產生貪污舞弊的線索，必須延伸追蹤檢查。如由于供貨方多發商品或材料導致存貨余額長期赤字，數額是否相符，若不符，是否有貪污舞弊行為。
　　5、檢查內部控制制度。圍繞存貨赤字余額產生的原因及其可能帶來的弊端，對存貨的內部控制制度進行符合性測試和實質性測試，查找其制度上的缺陷和管理方面的薄弱環節，從而提出完善制度、改進管理、強化內控、堵塞漏洞、防止錯弊的審計建議。

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