注冊會計師的查賬對象是會計的賬冊憑證。在經濟業務相對簡單且反映的業務內容不甚較多的情況下，注冊會計師可以通過翻閱賬本作出較有把握的結論。然而，到了二十世紀之后，隨著公司規模的擴大以及業務內容的創新，特別是股份制企業在地域上或業務量上的無限擴張，使得注冊會計師所需審核的會計信息越來越寬泛。過去那種依靠傳統的逐頁核對、逐筆檢查的手工方法，既曠日費時，也無法作出質量保證。于是，一些聰明的注冊會計師開始將眼光轉向了產生這些會計信息的過程。如果在收集、整理、匯總以及核算會計報表過程中，有很好的控制保護措施，那么會計報告的質量也應該是可靠的。而觀察會計報告的產生過程，比盲目地逐筆核對，要省時省力得多，也科學得多。于是，注冊會計師開始走出舍本求木的誤區，關注起與報表信息產生過程有關的內部控制。
    所謂的企業內部控制，實質上是為了保證業務活動的有效運行，保護資產的安全和完整，防止、發現、糾正錯誤和舞弊，保證會計資料的真實、合法、完整而制定和實施的政策與程序。而作為注冊會計師，在審計客戶之前，對其內部控制主要關注如下兩點：
    1. 財務報告的可靠性。確保財務報告可靠性的內部控制，直接影響到財務報表和相關的各種認定，從而影響審計目標的實現。如果影響財務報告可靠性的內部控制不健全，財務報表就不太可能符合企業會計準則和有關財務會計法規的要求。因此，注冊會計師應關注被審計單位保護資產和記錄安全完整的內部控制，關注保證經濟業務經過授權、符合既定方針政策和國家法律法規的內部控制。
    2. 對各類經濟交易的控制。注冊會計師特別關心的是對各類經濟交易的控制，而不是對會計賬戶余額的控制。原因在于，會計信息系統的輸出結果（會計賬戶余額）的準確性主要依賴于數據輸入和數據處理（經濟交易）的準確性。
    通過對企業內部控制的調整，注冊會計師不僅可以減少盲目的賬表核對或函證盤點，而且還可以使審計報告的結論更具準確性。因此，通過評價企業內部控制，找出企業在編制財務報表過程中的薄弱環節，并對之重點審核，已成為注冊會計師的第三大技術。

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