加工區與境外之間進、出的貨物，由貨主或其代理人根據加工區管理委員會的批件，填寫進、出境貨物備案清單，向主管海關備案。備案清單由海關總署統一制發。
海關對加工區與境外之間進、出的貨物，按照直通式或轉關運輸的辦法進行監管。   
加工區與境外之間進、出的貨物，除實行出口被動配額管理的外，不實行進出口配額、許可證件管理。
從境外進入加工區的貨物，其進口關稅和進口環節稅，除法律、法規另有規定外，按照下列規定辦理：
（一） 區內生產性的基礎設施建設項目所需的機器、設備和建設生產廠房、倉儲設施所需的基建物資，予以免稅；
（二） 區內企業生產所需的機器、設備、模具及其維修用零配件，予以免稅；
（三） 區內企業為加工出口產品所需的原材料、零部件、元器件、包裝物料及消耗性材料，予以保稅；
（四） 區內企業和行政管理機構自用合理數量的辦公用品，予以免稅；
（五） 區內企業和行政管理機構自用的交通運輸工具、生活消費用品，按進口貨物的有關規定辦理報關手續，海關予以照章征稅。
除法律、法規另有規定外，區內企業加工的制成品及其在加工生產過程中產生的邊角料、余料、殘次品、廢品等銷往境外的，免征出口關稅。

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