解析:海關在此情況下應追究報關企業的經濟責任，報關企業與委托人之間的經濟糾紛由雙方自行訴諸法律解決。法律規定的刑事責任，由司法部門對犯走私罪的直接責任人進行追究。
【鏈接】報關企業可采用以其委托人的名義或以報關企業的名義兩種不同的形式代理報關，雖同屬代理報關，但報關企業應承擔的法律責任各不相同。
目前，我國報關企業大都采取直接代理形式代理報關，間接代理報關只適用于經營快件業務的國際貨物運輸代理企業。

解析:《中華人民共和國瀕危物種進出口管理辦公室野生動植物允許進出口證明書》簡稱《允許進出口證明書》是我國進、出口許可管理制度中具有法律效力，用來證明對外貿易經營者經營列入《進出口野生動植物種商品目錄》中屬于我國自主規定管理的野生動植物及其產品合法進出口的最終證明文件，是海關驗放該類貨物的重要依據?！稙l危野生動植物種國際貿易公約允許進出口證明書》是我國進、出口許可管理制度中具有法律效力，用來證明對外貿易經營者經營列入《進出口野生動植物種商品目錄》中屬于《瀕危野生動植物種國際貿易公約》成員國（地區）應履行保護義務的物種合法進出口的最終證明文件，是海關驗放此類貨物的重要依據。
【鏈接】《非（進出口野生動植物種商品目錄）物種證明》適用于未列入《進出口野生動植物種商品目錄》的動植物物種的進出口，以及列入《目錄》的非《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄動植物物種的進口?！斗俏锓N證明》按時效分為“當年使用”和“一次性使用”。

解析: 進口許可證管理實行“一證一關”，一般情況下，進口許可證為“一批一證”。如要實行“非一批一證”，應當同時在進口許可證備注欄內打印“非一批一證”字樣，但最多不超過12次；出口許可證管理實行“一證一關”制、“一批一證”制和“非一批一證”制。因此，本題的正確答案為D。